Подскажите, есть ли программа позволяющая распознавать таблицы со сканированных документов(если Finereader, то каким образом можно полноценно распознать таблицу?)

Отдельно такой проги нет. В файне нужно обвести объект,задать тип блока "таблица", выполнить ее анализ и будет тебе счастье. Все делается по клику правой кнопки.

Или упрощённый вариант - Трансформер 2.0, действия те же.

А ещё можно СПДС график - мастер распознания таблиц, потом в эксель перегнать.